Trên cơ sở luận án Tiến sĩ năm 2003 và các kết quả nghiên cứu cập nhật, Tiến sĩ Hãn Nguyên Nguyễn Nhã đã hoàn thành công trình Những bằng chứng về chủ quyền của Việt Nam đối với hai quần đảo Hoàng Sa, Trường Sa. Ngoài Lời mở đầu, Lời kết luận và Phụ lục, nội dung chính của công trình được chia làm 6 chương, tập trung vào ba vấn đề cơ bản :
+ Những chứng cứ lịch sử và pháp lí khẳng định chủ quyền của Việt Nam đối với quần đảo Hoàng Sa và quần đảo Trường Sa.
+ Những hoạt động của nhà nước Việt Nam trong quản lí hành chính, thực thi chủ quyền đối với quần đảo Hoàng Sa và quần đảo Trường Sa.
+ Đề xuất những giải pháp giải quyết vấn đề Biển Đông và bảo vệ chủ quyền của Việt Nam đối với quần đảo Hoàng Sa và quần đảo Trường Sa